BAGIKAN
Pewarnaan negatif dari virion Yaravirus yang terisolasi. (Boratto et al., 2020, bioRxiv)

Para peneliti telah menemukan sejenis virus yang dianggap misterius karena hampir dari seluruh genomnya tidak diketahui dan dianggap baru bagi sains. Virus ini dinamai sebagai Yaravirus brasiliensis.

Tentang Virus

Virus adalah parasit mikroskopis, umumnya jauh lebih kecil dari bakteri dan tidak dapat bereplikasi atau berkembang biak di luar tubuh inangnya. Virus bebas yang belum menginfeksi sel inangnya dinamakan sebagai virion. Virion adalah seluruh partikel virus yang terdiri dari kulit protein luar yang disebut kapsid dan inti bagian dalam yang terdiri dari RNA atau DNA sebagai genomnya. Karena itu, virus umumnya dianggap sebagai mekanisme biokimia daripada organisme hidup.


Peran utama virus atau virion adalah “mengirimkan genom DNA atau RNA-nya ke dalam sel inang sehingga genom dapat diekspresikan (ditranskripsi dan diterjemahkan) oleh sel inang,” Ketika virus menginfeksi sel, ia mengirimkan sel itu pesan sederhana: Buat lebih banyak virus. Virus bisa meninfeksi mahluk hidup mulai dari bakteri, jamur, hewan, tumbuhan hingga manusia.

Yaravirus

Yaravirus merupakan “garis keturunan baru dari virus amuba dengan asal dan filogeni yang membingungkan,” tim peneliti dari Brasil menjelaskan dalam makalah pra-cetak tentang penemuan tersebut. Virus ini ditemukan di amuba Acanthamoeba castellanii, salah satu spesies protozoa yang paling terkenal.

Dinamai sebagai Yara atau Iara berdasarkan seorang tokoh ratu air dalam mitologi Brasil. Yaravirus ditemukan dari Danau Pampulha, sebuah danau buatan di kota Brasil, Belo Horizonte.

Bernard La Scola dari Universitas Aix-Marseille di Perancis, dan Jônatas S. Abrahão dari Universitas Federal Brasil Minas Gerais yang merupakan bagian dari tim peneliti adalah yang sebelumnya pernah menemukan virus raksasa Tupanvirus, yang hidup di perairan ekstrem. Disebut sebagai virus raksasa (Nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDV) karena kapsidnya (cangkang) yang sangat besar. Meskipun 30 persen genomnya  tidak diketahui, virus ini hanya menyerang amuba dan tidak membahayakan manusia.

Penemuan baru, Yaravirus, tampaknya bukan virus raksasa, terdiri atas partikel kecil berukuran 80 nm. Tetapi yang penting tentang itu adalah betapa genomnya tampak unik.

“Sebagian besar virus amuba yang diketahui telah terlihat berbagi banyak fitur yang akhirnya mendorong penulis untuk mengklasifikasikannya ke dalam kelompok evolusi umum,” tulis para penulis.

“Bertentangan dengan apa yang diamati pada virus amuba yang terisolasi lainnya, Yaravirus tidak diwakili oleh partikel besar / raksasa dan genom kompleks, tetapi pada saat yang sama membawa sejumlah penting gen yang sebelumnya tidak dideskripsikan.”


Dalam penyelidikan mereka, para peneliti menemukan lebih dari 90 persen gen Yaravirus belum pernah dideskripsikan sebelumnya, membentuk apa yang dikenal sebagai gen yatim (alias ORFans).

Tim membandingkan 74 gen penyandi protein virus dengan database yang berisi lebih dari 8.500 metagenom. Dari 74 gen, hanya enam yang terkait jauh dengan materi genetik yang diketahui dari mikroorganisme lain, sehingga menyulitkan para peneliti untuk mencari tahu dari mana asalnya dan spesies apa yang terkait dengannya.

Temuan ini menarik dan membingungkan bagi penulis. Virus yang menginfeksi amuba cenderung memiliki banyak kesamaan, di mana semua virus amuba yang telah diketahui terkait dengan virus raksasa (NCLDV).

Sebelum penemuan mereka, diperkirakan bahwa virus tidak dapat melakukan hal-hal seperti itu, dianggap sebagai entitas yang relatif lembam, tidak hidup, hanya mampu menginfeksi inangnya.

Kita sekarang tahu virus jauh lebih kompleks daripada yang pernah diyakini, dan dalam beberapa tahun terakhir, para ilmuwan telah menemukan jenis virus lain yang juga menantang pemikiran kita tentang bagaimana virus dapat menyebar dan berfungsi.

Tidak jelas apakah ini adalah contoh pertama dari keluarga baru virus amuba yang berevolusi secara independen atau sebelumnya merupakan virus raksasa yang ukurannya mengecil dari waktu ke waktu. Jika Yaravirus benar-benar terkait dengan virus raksasa, itu akan menjadi anggota terkecil dari NCLDV, baik dalam ukuran partikel maupun genom.



BAGIKAN